Z histórie
Počiatky farnosti sa spájajú s prvou písomnou zmienkou o meste Lipany z roku 1312, v ktorej sa spomína farár Henrich z Lipian (de Septem Thyliis). Na základe písomností z obdobia rokov 1315 až 1330 sa dá predpokladať, že osada Siedmich líp už ako farnosť zohrávala svoju úlohu vo vicearchidiakonáte v roku 1302 i skôr. Spolu s existenciou farnosti možno rátať aj s existenciou kostola. Kostol bol postavený na prelome 13. – 14. storočia v neskororománskom slohu v centre vtedajšej osady, bol zasvätený sv. biskupovi Martinovi z Tours a bol majetkom pánov z Kamenického hradu. Zakladateľom kostola bol Rikolf Tarcai/Tarczay.
V priebehu storočí kostol menil svoju podobu. Pravdepodobný prvý pôdorys z obdobia 1300 až 1320 sa skladal z hlavnej lode, presbytéria, chóru, sakristie a veže. Strop kostola nemal gotické klenby ako dnes, ale bol rovný. Bol vytvorený z drevených trámov a drevenej výplne, hlavná loď tak pôsobila vizuálne mohutnejšie. Veža kostola slúžila ako pozorovateľňa pre Kamenický hrad a z architektonickej stránky objektu možno vyčítať, že veža kostola netvorí celok s loďou kostola.
V testamente Tomáša Tarcaia z roku 1490 sa nachádza zmienka o existencii kaplnky sv. Tomáša, apoštola. Kaplnka bola pristavená k južnej stene kostola a mala slúžiť ako rodinná hrobka Tarcaiovcov/Tarczayovcov. Jeho syn Mikuláš sa zaslúžil o najväčšiu prestavbu kostola. V období rokov 1513 až 1519 bol zamenený drevený strop v lodi presbytéria za kamenné rebrá, rovnako boli vybudované krížové klenby pod chórom. Po vymretí rodu Tarcaiovcov v roku 1576 daroval kráľ Ferdinand I. majetky, kostol a celú farnosť Jánovi Dežöfimu/Dessewffymu de Czernek. V tomto období sa šírila v krajine reformácia, obyvatelia Lipian boli väčšinou evanjelikmi a farnosť aj kostol boli spravované evanjelickými farármi. Definitívny obrat a návrat do katolíckej cirkvi nastal dňa 17.3.1748. V priebehu dvoch storočí sa farnosť ocitla v rukách evanjelikov trikrát (1598-1672, 1680-1691, 1693-1748).
V období rekatolizácie pod tlakom rodiny Tomáša Širmaia/Szirmaya a Štefana Dežöfiho sa stali Lipany katolíckym mestom. Na počesť návratu do katolíckej cirkvi dala Klára Širmaiová pribudovať k severnej stene kostola kaplnku sv. Kríža v barokovo-rokokovom slohu ako hrobku rodiny Dežöfiovcov/Dessewffyovcov. Z tohto obdobia pochádzajú pribudované vchody do kostola zo západnej a južnej strany.
V rokoch 1851 – 55 sa vykonali opravné práce farského kostola. Správca farnosti Jozef Gurkay nechal premiestniť oltár v kaplnke sv. Kríža, premiestnil sochy, epitafy, ktoré boli umiestnené na zemi, nechal primurovať k stene, taktiež boli odkryté hroby. Istý obyvateľ zaobstaral z vlastných prostriedkov pre kostol Boží hrob, ktorý sa stal súčasťou oltára v kaplnke sv. Kríža.
Aj veža kostola prešla v roku 1937 opravou, ktorú na základe výberu mestskou radou vykonal Maximilián Hudy z Lipian. Oprava pozostávala z galvanizácie plechovej strechy a postavenia hromozvodu.
Po Druhom vatikánskom koncile bol vnútrajšok kostola upravený podľa dekrétov koncilu, tzn. že obrady sa otočili smerom k ľudu. Kostol taktiež prešiel kompletnou rekonštrukciou interiéru aj exteriéru. Zaslúžil sa o to dekan Toryského dekanátu, Pavol Dráb, z darov veriacich v 70-tych rokoch 20. storočia. V rámci vonkajších prác bola osekaná omietka do muriva a daná nová omietka, vymenila sa krytina veže z pôvodnej plechovej za medenú. Interiér kostola prešiel značnou obnovou. Zväčšil sa otvor do severnej kaplnky, kaplnka sa sprístupnila aj vchodom cez kostolnú vežu, bolo inštalované elektrické vykurovanie, položená mramorová dlažba, vymenený pôvodný organ za nový – elektrický, bola odstránená kazateľnica z ľavej strany oblúka presbytéria, umiestnený drevený stôl a kazateľnica pred hlavný oltár smerom k ľudu. Niektoré interiérové doplnky ako sochy a malé oltáre boli darované do iných farností.
Koncom 20. storočia za správy farnosti dekanom Kamilom Jankechom bola zo severnej strany kostola pribudovaná (zväčšená) sakristia s toaletou.
Začiatkom 21. storočia (2005 – 2007) prešiel kostol rozsiahlou rekonštrukciou a modernizáciou interiéru a exteriéru, zaslúžil sa o to farár Vladimír Šosták. V roku 2004 sa farská hospodárska rada spolu so stavebnou komisiou zaoberala obnovou farského chrámu poznamenaného vlhkosťou, chýbajúcim vykurovaním a nedostatočným vetraním. Rekonštrukcia zahŕňala nasledovné: nanovo bola vyriešená svätyňa chrámu, podlahové kúrenie, orezanie a vyleštenie dlažby a zakúpenie novej (svätyňa, stredný pás a severná kaplnka), nové diaľkovo ovládané okná, inštalácia vzduchotechniky, nová elektroinštalácia a vnútorné osvetlenie, renovácia a sanácia vnútorných stien, rekonštrukcia chóru s novým schodišťom a zábradlím, odstránenie starých náterov, vymaľovanie kostola a rekonštrukcia obrazov štyroch evanjelistov, renovácia portálov, nová vonkajšia fasáda, nové latovanie strechy, nová strešná krytina, nové dažďové žľaby a zvody, nové lavice, nové južné a sakristiové dvere, nový nábytok sakristie a iné drevené doplnky, nový kamenný oltár a ambona. V roku 2009 sa zrealizovala inštalácia nového zvona a vonkajšieho osvetlenia. Celkové náklady rekonštrukcie Sk 7190000,- (2 mil. príspevok mesta, 250 tis. príspevok štátu, najväčšia položka dary veriacich).
Interiér kostola
Skvostom lipianskeho kostola je neskorogotický hlavný oltár umiestnený v presbytériu, ktorý pochádza z dielne Majstra Pavla z Levoče z obdobia 1512 – 1520. Vo vrchnej časti oltára, v jeho strede, je výjav korunovácie Panny Márie Najsvätejšou Trojicou, v dvoch poloviciach štítu sú umiestnené sošky sv. Barbory a sv. Kataríny Alexandrijskej. V oltárnej skrini vysokej dva metre stoja tri sochy: (zľava) sv. Martin z Tours so žobrákom pri nohách, Madona s Ježiškom a sv. Mikuláš. Po stranách oltárnej skrine sú dvojité krídla maľované bardejovským majstrom Hansom Köhlerom. Na otvorených krídlach je vyobrazené: Zvestovanie, Narodenie Pána, Navštívenie a Smrť Panny Márie. Na zatvorených krídlach je vyobrazený tzv. Pašiový cyklus: Kristus v Getsemanskej záhrade, Kristus pod krížom, Zajatie Krista, Kalvária, Kristus pred Pilátom, Sňatie z kríža, Kristus sa lúči s Pannou Máriou a Ecce Homo. Pod oltárnou skriňou, v jej strede, sa nachádza drevený svätostánok. V zadnej stene presbytéria sa nachádza železnou tepanou mriežkou zakrytý výklenok starobylého svätostánku. Na severnej stene nechal majster Vincent z Raguzy vytesať nový svätostánok, ktorý sa používa dodnes. V múre svätyne vľavo sa nachádza pomník Melichara Fekešháziho, kapitána hradu Kamenica, z roku 1621. Pod gotickým oblúkom deliacim presbytérium a loď je umiestnený obetný stôl v tvare chleba a ambona v tvare zvitku Písma vytesané z dobrovodského pieskovca. Sú dielom sochára Viliama Gažíka.
V lodi kostola je umiestnená krstiteľnica z 15. storočia, ktorá je vysekaná z pieskovca, vrchnák krstiteľnice je z tepanej mede a pochádza z 18. storočia. V súčasnej dobe nad krstiteľnicou je umiestnený kríž s plastikou Krista. Korpus aj kríž je drevorezba z druhej polovice 15. storočia a pochádza z dielne Majstra Pavla z Levoče. V kaplnke sv. Tomáša a v lodi kostola sú rozmiestnené jednotlivé zastavenia krížovej cesty. Vyrezávaná krížová cesta je dielom tirolskej školy a bola urobená na začiatku 20. storočia. V lodi je umiestnené červeno-mramorové epitafárium Melichara Duchoňa, úradníka, z roku 1636. Na priečelí chóru sa nachádza erb rodu Tarcaiovcov.
V južnej kaplnke sv. Tomáša apoštola je umiestnený neskorogotický oltár sv. Anny, ktorý je starší ako hlavný oltár. Klenotom oltára je drevená socha sv. Anny, ktorá drží na jednej ruke dieťa, Ježiša Krista, a na druhej ruke Pannu Máriu, tiež ako dieťa. Oltár je tabuľový. Na otvorených tabuliach možno vidieť obrazy: Zvestovanie Pána, Narodenie Pána, Klaňanie sa troch kráľov, Smrť Panny Márie a na zatvorených tabuliach sú zobrazené z ľavej strany sv. Barbora, sv. Apolónia, sv. Dorota, sv. Agnesa a z pravej strany sv. Lucia, sv. Katarína, sv. Uršuľa a sv. Margita. Na predele je maľba Corpus domini. Obraz na podstavci oltára znázorňuje Vzkrieseného Krista a po jeho stranách sú Panny Mária a sv. Ján, evanjelista. V tejto kaplnke sú dva erby, mramorový vínovočervený erb Jána Dežöfiho a erb rodu Dežöfiovcov. Na ľavej strane kaplnky stojí pomník v tvare tumby zo zvolenského červeného mramoru z roku 1649, ktorý dala postaviť manželka Štefana Dežöfiho, Katarína Darholzová z Fintíc, ako dôkaz manželskej lásky. Nachádza sa tu aj náhrobný pomník Tomáša Tarcaia zhotovený z ostrihomského mramoru v roku 1493 a pomník vnučky Kataríny Darholzovej z červeného pieskovca.
V severnej kaplnke sv. Kríža je umiestnený oltár, v skrini ktorého je pieta – mŕtvy Kristus v lone Panny Márie. Drevorezba pochádza z druhej polovice 14. storočia a patrí medzi najstaršie pamiatky vôbec. Do podstavca oltára bol v období rokov 1851 – 55 zapracovaný Boží hrob – plastika tela Krista uložená v hrobe. V kaplnke vpravo pri vstupe je umiestnený pomník z čierneho mramoru, ktorý dal svojim rodičom, Štefanovi Dežöfimu a Kláre Šemšeiovej/Semseyovej, postaviť syn Štefan. Hornú časť vypĺňa erb rodiny Dežöfiovcov a erb rodiny Šemšeiovcov/Semseyovcov. Veľmi pekným je štuk na strope kaplnky, kde sú vyobrazení štyria evanjelisti – Marek, Matúš, Lukáš a Ján, ktorý je pozlátený 24 karátovým zlatom.
Exteriér kostola
Pod kostolom sú dve krypty – rodinné hrobky Dežöfiovcov, jedna je pod svätyňou a druhá pod kaplnkou sv. Kríža. Obruby kostolných brán sú prácou majstra Vincenta z Raguzy.
Kostol je obkolesený zeleňou – malým parkom so starobylou lipou. Na kostolnom nádvorí je umiestnená socha sv. Júdu a sv. Floriána.